吴石牺牲2月后，老蒋仍气不过：改判吴石副官，直接死刑

吴石在1947年4月于上海锦江饭店与相关人员见面后，开始从事情报传递工作。他在国民党内部担任职务期间，将多项军事资料通过渠道送出。1949年春季，吴石在香港与联络人会面，接受任务后，继续收集情报。1949年秋季，吴石抵达台湾，担任国防部参谋次长，利用职位获取资料。1949年10月，朱谌之抵达台湾，与吴石建立联系，吴石将台湾战区战略防御图交给朱谌之。朱谌之通过香港将资料转交中共华东局情报部门。吴石还提供海防前线阵地兵力火器配置图、敌我态势图、海流资料、地理资料分析、海军基地部署、空军机场机群分布、国军部队番号人数、重武器配备、军官名册、游击武装计划及根据地名单等资料。这些资料由朱谌之分批转出。

1949年11月，吴石通过聂曦将情报送往香港，聂曦负责具体递送。陈宝仓提供中南部北部防区部队番号兵力及美援情况，吴石汇总后传递。1949年晚期，朱谌之在台湾与吴石秘密会面六次，每次接收资料，包括军机关首长人事花名册、台湾部队番号部署、飞机大炮坦克类型性能数量等。聂曦收集东南军政长官公署联络科批准编制电报、科长以上军官姓名住址电话、总统府各室处临时调查花名册等。吴石从东南公署第三处长吴鹤予和副处长黄德美处获取东南区敌我态势图。王正均负责绘制台湾军事部署及沿海防御工事表格，通过吴仲禧转交香港中共方面。

1949年11月至1950年2月，吴石从东南公署第一处少校参谋方克华处获取团长以上军官花名册、台湾警备总司令部供应区及所属机关正副首长科长姓名。从第五处少校参谋江爱训处获取东南部队11月人事检讨统计及台湾征兵花名册。从第四处少校参谋林志森处获取舟山守备部队武器数量统计。从空军教练司令部上尉参谋王济甫处获取空军主要部队番号位置飞机数量类型性能记录。吴石住所被搜查时，查获国防部调整原则、修订编制原则重点防空事项记录、高级指挥机构原则、无线电使用密码书、台湾主要公路地图、海南岛港湾工程地图及其他重要图表。吴石妻子王碧奎为中共女交通员刘桂麟申请出境许可而被捕。

1949年10月，国民党保密局逮捕省工委委员陈泽民，随后逮捕朱谌之于浙江定海。1950年1月29日，保密局逮捕省工委书记蔡孝乾，蔡孝乾供出在台中共党员名单，导致400多名中共党员被捕，包括吴石和朱谌之。1950年2月6日和14日，下令定海单位秘密调查。1950年2月18日，朱谌之在定海被捕。1950年2月26日，朱谌之被移送台湾。基于聂曦和朱谌之供述，1950年3月1日晚，吴石被拘押审讯。保密局从吴石住所搜出微缩胶卷和金条。审讯过程持续数月，军事法庭组织高等军法会审庭。

1950年4月7日，国防部参谋总长周至柔呈蒋介石签核，关于吴石等叛乱案，斥军法局侦讯终结，依法组织高等军法会审庭，派曹秉喆、宋膺三为军法官，蒋鼎文为审判长，韩德勤、刘咏尧为审判官。1950年5月30日，高等军法会审庭判吴石、陈宝仓、聂曦死刑，褫夺公权终身，因共同交付军机密文件图表给叛徒。朱谌之判死刑，褫夺公权终身，因共同意图破坏国体篡夺国土而着手实行。判决书为39年度劲功字第55号。1950年6月10日，吴石、朱谌之、聂曦、陈宝仓在台北马场町刑场执行枪决。报纸报道此案为国府肃谍大捷。

吴石等四人枪决后，蒋介石查看剩余卷宗，对王正均和林志森原判七年徒刑不满。军事法庭初判王正均七年徒刑，林志森同样。蒋介石批示轻判恐纵敌，着令重审。军事法庭启动复审，无新证据，未再开庭，将七年徒刑改成十五年。蒋介石仍不满，7月底再次调阅卷宗。1950年7月25日，高等军法会审庭制作复判判决书，签呈蒋介石核定。蒋介石批示上签既认定王正均与吴石为共犯，量刑仍轻，王正均一名拟改处死刑，褫夺公权终身。林志森判决同样改死刑。批示用朱砂笔写在文件空白处，盖蒋中正印。判决送达监狱，王正均和林志森接受改判。

1950年8月5日，参军长刘士毅呈上最终判决书，蒋介石确认批示。1950年8月10日，王正均和林志森在马场町刑场执行枪决。此案总计六人丧生。吴石案牵连逾200人，受审12人，其中8人有期徒刑调整。吴鹤予判十年，方克华判十年，江爱训判七年，王济甫判五年，黄德美和王碧奎无罪释放。

蔡孝乾供述后，被国民党授予少将军衔，进入国防部保密局从事匪情研究，后任调查局副局长，但长期受监控。蔡孝乾于1982年10月8日去世。吴石骨灰由家属领走，藏于台北郊区寺庙。1973年11月15日，大陆追认吴石为革命烈士。2011年7月，民政部追认王正均和林志森为革命烈士。2019年5月30日，台湾促进转型正义委员会公告撤销吴石、王正均、林志森等刑事有罪判决，公告列出判决细节，并公布蒋介石亲笔批示文件作为历史档案。吴石案档案存于国家档案馆，包括审讯记录和判决书。